Ayant perdu le contact avec l'équipage du vaisseau Icare du Capitaine Taylor, la NASA lance une mission de secours, composée de deux astronautes : le capitaine Donovan Maddox et le lieutenant John Brent. Suivant le même itinéraire que George Taylor et son équipage, les deux hommes s'écrasent à leur tour sur la planète des singes. Unique survivant du crash, Brent découvre avec l'aide de Nova que ce monde, en plus d'être gouverné par les singes, abrite également une communauté de mutants humains télépathes. Ces derniers, qui vouent un culte à la bombe atomique, ont élu domicile dans ce que les singes nomment la "zone interdite", qui n'est autre que New York en ruines. Or, le belliqueux général gorille Ursus, désireux d'étancher sa soif de conquêtes, projette de l'envahir...
Suite directe de la fin de "la Planète des Singes " : on voit juste Taylor en compagnie de Nova traverser la zone interdite = orages électromagnétiques, puis obstacles terrifiants qui sont des illusions produites par les mutants aux pouvoirs psi. On le voit aussi à la fin de cette suite (c'est le cas de le dire)